MES软件系统开发与实施过程中，应当将完善的内部控制体系有步骤地融入MES环境当中，将新风险纳入内部控制之中。因而，在MES环境下建设、完善内控评价系统是MES项目实施中不可缺少的一部分。
　　
　　一、内控评价体系三方面
　　
　　内部控制设计是构建内部控制的前导性工作，其合理性直接决定内部控制的构建效果和运行效果，是构建内部控制的基础。设计合理性评价就是要从整体上分析其构成以及各部分之间的有机联系是否合理，从以下三方面入手：
　　
　　内部控制的系统性评价。内部控制体系是一个由诸多要素有机构成的系统，要素之间存在着相互联系，相互制约的关系。要素结合为系统，系统作为有机联系的整体，获得了各个组成部分所没有的新特性，而这种新特性是要素、系统整体和外部相互作用的结果。所以，内部控制整体上如果残缺不全，缺乏系统性，那么要素之间的有机联系就不会存在，导致其整体功能大打折扣。以国有企业为例，治理控制的残缺和无效，导致内部控制不能产生整体的控制功能，无效或低效也就很顺理成章了。因此，内部控制的每一个控制环节、每一项控制措施都应当从系统整体的角度去设计和构建，各个局部的目标要协调一致。
　　
　　内部控制的充分性评价。在设计内部控制体系时，首先要确定其目标，目标是控制活动的出发点和归宿，内部控制必须围绕其目标展开，每个控制环节和控制措施都应当为目标服务。针对内部控制的每一项目标，评价其可实现性。内部控制系统使用的控制手段和控制措施对所要实现的目标来说是否充分？如果内部控制的目标都可以得到实现，那么这个内部控制体系就是**的。
　　
　　内部控制的经济性评价。构建内部控制是为了减少可能发生的损失，而设计、实施内部控制要支付一定的成本，企业必须关注实施内部控制可能减少的损失和实施成本之间的大小关系，控制成本与控制收益相比必须是经济的。或者说，内部控制的控制环节、控制程序和方法必须是必要的，不存在重复和重叠的部分。
　　
　　二、完善企业内控建设
　　
　　虽然在MES环境下执行内部控制需要依靠先进的信息等技术，但是也不能过分夸大技术的作用，还是要充分发挥员工的能动性，提高企业员工的素质，以适应新环境带来的变化。一方面MES带来内控工作的革新，使企业员工从繁杂的填表、报表中解放出来，另一方面MES又对企业员工提出了新的要求，特别是分析并提出管理需求的能力，企业需要的是跨计算机专业、财会专业、管理专业及企业相关专业的复合型人才，这也为员工的个人发展提供了更大的活动舞台。
　　
　　MES环境下，完善企业内部控制的具体措施具体包括：改善组织控制，加强技术控制、管理控制、系统开发控制、日常操作系统管理控制、网络系统安全控制和应用控制。从不同方面、不同角度提出了改善实施MES即企业内部控制的具体方法、控制制度程序和方法，共同构成了一个有机的整体。
　　
　　“MES建设没有终点”。MES项目的实施意味着管理理念的更新和管理流程的再造，相应的内部控制系统也必然要随着MES系统本身的使用不断修改而趋于完善。在MES系统的整个生命周期中。企业应不断进行MES系统内部控制效果自测与自评，不断进行内控体系的修改和扩充。
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