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SCADA在工厂自动化系统中，位处PLC与MES之间，SCADA可将底层数据采集起来，进行分析、处理、显示、存储，传输等，其接口众多，速度快，还能将采集到的数据传输到MES系统中。
企业在生产组织与管理的e化系统主要有3种方式，包括MRPII／ERP、SCADA／HMI以及MES。MRPII／ERP是以物料需求计划或资源计划方式来作生产管理，SCADA／HMI为监控生产管理，MES则是连接自动化设备，并且整合各采撷点的资讯，来进行数据分析管理，其中SCADA因为专业程度较高，加上MES也有资料撷取功能，多数企业过去未将此列入e化规划中，而是考虑ERP与MES两种架构。
不过比较SCADA与MES两者系统，SCADA在资料撷取与监控的强大效能，终究非MES所能**取代，而就功能取向来看，MES主要的作用仍在于管理，在自动化平台的资料流中，SCADA是属于资料提供者，而MES是接受者，SCADA将从PLC所撷取到的资料，往上送给MES，MES再与其他资讯一起汇整，分析出资料意义，提供给管理者。
不管是SCADA或MES，对企业来说都只是自动化架构的一部分，因此无从比较谁比谁重要，都是透过自动化系统优化作业流程、合理配置与即时调度资源，达到降低制造成本、提升设备稼动率。
SCADA与MES内容不同、所能解决的问题也不同，SCADA主要是以设备为主，透过资料撷取与监控，来产生各种设备资料，提供给MES，MES是重视现正发生的现场生产情况，能够即时解决现在的生产资源瓶颈问题，就目标的区隔来看，SCADA着重的是设备，MES则是制程。
MES与SCADA的架构内容与所能解决的问题都不同，没有必然的导入顺序，企业在选择时必须从当前所面临的问题思考。例如中小型代工制造业者，不但必须满足客户的稽核需要、在有限的订单金额下，为了提高利润，还必须从内部降低制造成本，并提高生产效率与品质，因此企业可以先选择SCADA，利用SCADA系统所产生的数据，提升设备利用率，精细管理生产现场的人、机、料，优化生产流程。
如果企业的规模庞大，在销售、财务等生产以外的资源配置吃重，营业版图不**于一地扩及数个国家，这时企业的建置重点就在于协调不同层面的企业资源，藉此提高运作效率，此时就可藉由MES亦或ERP，来让企业的资源可以进行协调调度，并且加入SCADA系统，与MES、EPR等系统并不冲突，如此便可利用自动化系统，达到资源优化的目的。
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