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亲水性色谱柱因中间是空心的，对载气是无阻的，又命名为空心柱。现在常用的色谱柱内径为250～530μm左右，长度为10～50m左右，使用的最长的可达100m，材质主要有金属、玻璃、石英。目前亲水性色谱柱一根内径250μm，长度为20m的壁涂层柱约有100000理论塔板数，比长为5～10m的填充柱的柱效要高得多。美国色谱专家斯科特曾采用低固定液含量、均匀细颗粒填充的长柱子，研制成**填充柱，柱效达30000理论板数，用于解决复杂的成分分析，但随着亲水性色谱柱的出现和不断发展，填充柱几乎完全被色谱柱所代替。
亲水性色谱柱的改性和涂渍技术一个高性能的亲水性色谱柱应该是选择性好、柱效高、液膜均匀、表面惰性，它不仅能分离好所要分析的样品，而且能长期稳定，对样品不吸附、不反应。为了改善固定液对原料管内表面的润湿性，多年的经验表明必需对其改性。毛细管内壁改性主要有两种方法，一种是化学改性，另一种是物理改性。化学改性主要是通过沥滤、淋洗、脱水改性去活的办法，物理改性又叫内壁粗糙化，这个方法在涂渍及制备中等极性和极性固定液柱子时用得较多。
在不影响骨架的前提下，亲水性色谱柱中孔径的大小可以控制，这使色谱柱的流动阻力和扩散比填充柱小很多。对于传统的填充柱，表观压力降与填料的孔结构可以用Kozeny-Carman方程式表示：Usf＝(1/Kva2)(Δp/ηL)ε，其中Usf为表观流速，K为填料的形状因子，a为填料的比表面积)联系起来。该等式在空隙度(porosity)ε为0.4左右(填充柱的通常值)与实际情况符合较好，而亲水性色谱柱的ε可达0185，这时该方程就不能直接使用了。Liapis等根据亲水性色谱柱的微观细节建立相应的网状模型，但未考虑到对表观流动阻力贡献显著的垂直于骨架的前沿流。Vervoor和Gzil等利用相关软件提出四面体骨架模型，从而建立了表观的压力降与整体硅胶柱特定孔结构之间的关系。
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