企业法定代表人名义申请商标注册，而实际上由公司使用商标，这种做法并未违反相关的法律规定，也是目前一种普遍做法，但，这种做法是否会使公司受制于人，甚至陷入潜在的危机中，也是值得研究的。
具体来说，以企业法定代表人名义申请注册的商标，其商标专用权归属于该法定代表人个人，公司必须在履行法定的许可手续后方可使用。同时，公司的法定代表人并不是一成不变的，当公司的法定代表人更换后，原法定代表人就有可能在商标的使用问题上向公司发难，要求公司要么停止使用商标，要么向其支付高昂的商标许可使用费，如果公司未经许可继续使用商标，就会构成商标侵权，并为该侵权行为支付相对应的赔偿金。
实践中，如果该商标被企业的大量使用并进行了宣传推广，就会产生了较高的知名度和美誉度，商标的市场价值也会随之水涨船高。
在这种情况下，如果公司继续使用商标，在得到许可的情形下，需要支付高昂的许可费;如果在不经许可的情形下使用，则要支付高昂的赔偿费，同时还要担负相应的法律责任;如果公司就此放弃该商标，转而使用或申请新的商标注册，那么，公司对前商标的大量使用和资金投入便是为他人做了嫁衣，公司所有宣传推广随之付诸东流，公司也因此丧失了一定的市场份额。而且，要想为企业重新树立一个同之前知名度相当的新品牌，企业将不得不付出更加高昂的费用，而享有商标专用权的法定代表人则会因此获益匪浅，甚至可以以该品牌重新建立企业的强大竞争对手。对企业来说，这无疑是一种腹背受敌的窘状。
同时，公司授权法定代表人以自然人身份申请北京商标注册，也就间接的同意了法定代表人经营同公司业务类型相同或近似的个体工商户，这就为法人的“竞业”行为打开了一个缺口，若法定代表人真的经营该个体工商户，并经营有方，使得该个体工商户规模扩大，那么该法定代表人是不是会将其名下的商标收回，转由其经营的个体工商户来使用?这对公司来说，是又一个巨大的风险。
总之，以企业法定代表人名义申请北京商标注册，而实际由企业来使用注册商标的行为，具有一定的便利性，也为市场中的一种通行做法，但该行为也存在诸多风险，对于企业来说，要结合自身实际，来综合考量以法定代表人名义申请商标注册的利弊。对于必须以其法定代表人名义来申请注册商标的企业，建议向专业的商标咨询或代理机构咨询，请其针对企业的特定情形，制定专业合理的应对措施，以防止使企业处在潜在的危险之中。
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